Ved FD er det vanligvis ikke tydelige funn ved undersøkelser, som avvik ved blodprøver eller vanlig endoskopi. Hvor mye man skal utrede kan gjerne sees på som en utfordring. Noen pasienter med FD gjennomgår mange skopi undersøkelser, billedundersøkelser og andre tester. Dette er sjelden nødvendig.
Diagnosen funksjonell dyspepsi kan vanligvis stilles på bakgrunn av normale prøver og dersom sykehistorien stemmer. For at de diagnostiske kriteriene skal være oppfylt, må organisk patologi være utelukket, og symptomene må forekomme hyppig (minst 1-3 ganger per uke). Plagene må ha funnet sted i minst 3 måneder, og tilstanden må vare minst 6 måneder før diagnosen kan stilles. Gastroskopi kan være nødvendig for å utelukke for eksempel magesår, kreft og cøliaki. I tillegg er det ofte rimelig å teste for Helicobakter pylori (magesårbakterien) og blod i avføring.
Ultralydfunksjonsundersøkelse (ULFU)
ULFU er en test der man undersøker magesekkens evne til å utvide og tømme seg.
Magesekkens nederste del (antrum) måles fastende ved hjelp av ultralydundersøkelse, og pasienten fyller ut et skjema som angir hvor mye symptomer han/hun har. Deretter drikker pasienten 500 ml Toro klar kjøttsuppe, avkjølt til 37 grader. Legen måler så øvre og nedre del av magesekken etter 1, 10 og 20 minutter, mens pasienten fyller ut symptomskjema ved de samme tidspunktene. Ved å se nærmere på målene som blir gjort, kan magesekkens akkomodasjonsevne vurderes. Typisk hos pasienter med FD er funn av lave verdier fra øvre del av magesekken, mens nedre del kan være utvidet. Dette tyder på en ugunstig fordeling av suppen i magesekken, noe som kan forklare plagene med oppfylthet og ubehag etter måltidet. I tillegg kan man få en indikasjon på om pasienten har visceral hypersensitivitet ved å se på hvordan pasienten graderer sine symptomer før og etter undersøkelsen. Om målene følges over tid kan man også få en indikasjon på hvor godt suppen tømmes ut av magesekken. Ved hjelp av ULFU kan pasientene få en endelig diagnose, og få riktige råd om hvordan man kan leve med og behandle tilstanden.