PRX-102 har blitt gitt til 16 personer i over et år, men de spesifikke bivirkningene er ennå ikke godt kjent. Sikkerhetsprofilen til PRX-102 ser ikke annerledes ut enn den for andre enzymer som brukes til å behandle Fabry sykdom. Allergisk reaksjon mot PRX-102 er mulig.
Følgende bivirkninger har forekommet hos personer som har blitt gitt andre enzymer. De vanligste bivirkningene av denne type legemidler er: frysninger, feber, følelse av varme eller kulde, kortpustethet, kvalme, rødme, hodepine, oppkast, nummenhet eller prikking i huden, tretthet, kløe, smerte i ekstremitetene, høyt blodtrykk, brystsmerte, tett hals, magesmerte, svimmelhet, rask puls, tett nese, diaré, hevelse (vanligvis i underekstremitetene), muskelsmerte, ryggsmerte, blekhet, nedsatt puls, elveblest, lavt blodtrykk, hevelse i ansiktet, utslett, og døsighet. Alvorlige allergiske reaksjoner som kan være livstruende kan forekomme.
Det kan forekomme bivirkninger, som på nåværende tidspunkt er ukjente.