Testar for muterte virus

Mikrobiologisk avdeling har analysert over 400 000 prøvar for SARS-COV-2 sidan pandemien starta. Måndag starta dei også jakta på muterte virus i prøvar som er positive for korona.

- Vi har no innført ein ny PCR-test for alle prøvar som er positive for covid-19. Det gjer vi for å leite etter blant anna den såkalla britiske virusvarianten, fortel overlege Øyvind Kommedal på Mikrobiologisk avdeling.

Bioingeniør startar arbeidet med å analysere Covid19- prøven. Den blir «rista» slik at eventuelle virus blandar seg i væska i gl
Bioingeniør startar arbeidet med å analysere Covid19- prøven. Den blir «rista» slik at eventuelle virus blandar seg i væska i glaset, deretter trekt opp og plassert i små røyr for analyse.


Avdelinga har nok ein gong snudd seg rundt i rekordfart, for å kunne utføre PCR-test for muterte virus i Vestland. Det vil redusere svartida, og gjere kommunar med positive prøvesvar i stand til å sette inn tiltak raskare.

 
- Primært var det Folkehelseinstituttet som gjorde desse analysane for å overvake, men når det kom utbrot med muterte virus hadde FHI for liten lab-kapasitet. Vi vart spurt om å bidra, og det kunne vi sjølvsagt, seier Kommedal.


- Vi er vande til å handtere store prøvemengder, slik sett er det enklare for oss  å omstille oss enn for eit forskingslaboratorium som FHIs.

Spesialbioingeniørane  Rebecca Irene Breistein og Birgitte Bargard Madsen.

- Vi har bioingeniørar som står på døgnet rundt og jobbar meir enn dei aller fleste andre i sjukehuset, seier overlege Øyvind Kommedal om kollegaene på mikrobiologisk avdeling. Spesialbioingeniørane  Rebecca Irene Breistein og Birgitte Bargard Madsen er to av dei. Her sit dei ved maskina som viser om positive korona-prøver inneheldt mutert virus eller ikkje.


I dei tilfella der det blir oppdaga mutert virus i PCR-test 2, er neste steg sekvensering for å bekrefte svaret.

- Då finn vi også ut kva type mutasjonar det er snakk om, opplyser Kommedal.

Sjølve sekvenseringa av arvestoffet i viruset blir gjort på Avdeling for medisinsk genetikk, som held til i etasjen over mikrobiologisk avdeling. Så kjem sekvensane tilbake til mikrobiologisk avdeling, der dei samanliknar sekvensane med arvestoffet til andre, kjente virus.

- Slik finn vi ut kva virusvariant det er snakk om, forklarer Kommedal.

Dei tre variantane ein per i dag tenker kan ha betyding når det gjeld smittevern, er den britiske, den sørafrikanske og den brasilianske. Det er desse ein fryktar  kan spreie seg noko lettare enn dei vanlege variantane. 
 
Overlege Øyvind Kommedal i samtale med NRK-journalist

- Det oppstår nye mutasjonar heile tida, men det er berre nokre få som har noko å seie for smittevernet, understrekar Kommedal. Her i samtale med NRK-journalist.


- Derfor er det den britiske, den sørafrikanske og den brasilianske mutasjonen vi ser etter no.

 
Til arbeidet har avdelinga gått til innkjøp av nytt utstyr, som står i kartongar rundt om kring, men ekstra opplæring har ikkje vore nødvendig.
- Dette er metodar vi allereie bruker, men vi har utvida repertoaret, seier driftsleiar Randi Monsen Nygaard (til venstre). Her i samtale med spesialbioingeniør Birgitte Bargard Madsen.
 
I dag får ein svaret på dei fleste PCR-testane i løpet av 24 timar. Alle positive prøvesvar vert meldt tilbake til kommunen dei kom i frå med det same svaret ligg føre. Slik vil det også vere no, sjølv om dei positive prøvane blir analysert vidare. Deretter vil kommunane få beskjed om viruset er mutant eller ikkje.

- Vi tar sikte på å vite om det er eit mutert virus i løpet av eit ekstra døgn, men nokon gonger vil det ta lenge tid, seier overlege Kommedal.

Å finne ut kva type mutasjon det er, vil ta ytterlegare 0,5-1 døgn.

Kommedal forventar at vi vil sjå ein auke i muterte virus framover. Allereie i dei første positive prøvane som vart analyserte måndag, er det funne mutasjonar, i prøvar frå fleire kommunar.

Meir om PCR-test

PCR-testen bekreftar eller avkreftar korona ved å leite etter virusets arvestoff. PCR står for Polymerase Chain Reaction. Mikrobiologisk avdeling tar  PCR-test på alle prøvar for å sjå om dei er positive for korona, og har no i tillegg innført ein ny  PCR-test for å sjå om det er mutante virusvariantar i dei positive prøvane.