Slik jobba mikrobiologen med Askøy-utbrotet

Campylobacter er blitt mykje omtalt etter mageinfeksjon-utbrotet på Askøy. Feceslaben på Mikrobiologisk avdeling har med sitt topp moderne utstyr vore sentral i jakta på bakteriane som har ramma så mange.

Seksjonsoverlege Øyvind Kommedal ved Mikrobiologisk avdeling

- Helse Bergen har investert mykje i mikrobiologisk diagnostikk dei siste åra og har i dag eit av landets aller mest moderne og effektive laboratorium.  Rask diagnostikk er alltid viktig for den enkelte pasient, men ved store utbrotssituasjoner som den vi har på Askøy no, ser vi også at det utgjer ein sentral del av samfunnsberedskapen, seier seksjonsoverlege på Mikrobiologisk avdeling, Øyvind Kommedal.

Onsdag i førre veke viste seksjonsoverlege Øyvind Kommedal pressa rundt på Mikrobiologisk avdeling.

Onsdag i førre veke viste seksjonsoverlege Øyvind Kommedal pressa rundt på Mikrobiologisk avdeling.

 
Heile DNAet til bakteriar frå ulike pasientar kan lesast ved hjelp av ein metode som heiter heilgenom-sekvensering.

Heile DNAet til bakteriar frå ulike pasientar kan lesast ved hjelp av ein metode som heiter heilgenom-sekvensering.


Ved utbrot som dette er det DNA-baserte testar som er dei viktigaste, understrekar Kommedal.

-  Desse testane gir svar i løpet av nokre timar, og alle pasientprøvar vi mottar frå Askøy blir besvart i løpet av 24 timar etter at vi har mottatt dei.  Bakteriane blir også dyrka, blant anna for å sjå etter antibiotikaresistens, men desse svara kjem seinare.

Ved alle mistenkte utbrot er det viktig å finne ut om dei bakteriane folk er smitta med kjem frå ei og same kjelde. Ei kjelde kan vere eit vatnreservoar slik ein mistenker på Askøy, men også for eksempel eit parti med forureina kyllingkjøtt.

- Dette gjer vi ved å undersøke om bakteriane er genetisk identiske. Etter at bakteriane er dyrka, les vi heile DNAet til bakteriar frå ulike pasientar ved hjelp av ein metode som heiter heilgenom-sekvensering og samanliknar dette i avanserte dataprogram. Vi bruker eit dataprogram som heiter PathoSurv og som er utvikla i samarbeid med eit bergensk start-up selskap som heiter Verditra, fortel Kommedal.

Bioingeniør Bente Bølstad

Bioingeniør Bente Bølstad

Frå Askøy fekk dei første pasientane påvist Campylobacter fredag før pinse. Alt tysdag morgon før klokka 08 var dei ferdig heilgenomsekvensert og Haukeland kunne bekrefte at dei var identiske. Totalt har mikrobiologen påvist opp mot 120 positive campylobacter-prøvar sidan utbrotet starta.

- Dette er det første store vassborne utbrotet i Noreg etter at denne nye teknologien vart tilgjengeleg, og dermed første gong at vi har kunna avklare dette så tidleg, mens utbrotet pågår. Tidlegare har denne typen analysar oftast tatt fleire veker, seier Kommedal.

Bioingeniør Eirik Jovall Nybakken

Bioingeniør Eirik Jovall Nybakken

Denne teknologien gir helsevesenet moglegheit til å drive supereffektiv smitteoppsporing og overvaking også ved nasjonale utbrodd. Ein får lagra heile DNAet til bakteriane i datafiler som enkelt kunne vore delt og utveksla mellom dei ulike laboratoria og med folkehelseinstituttet.

- Dessverre meiner mange at bakterie-DNAet skal oppfattast som pasientsensitive data, slik at vi i dag ikkje har moglegheit til å utveksle dei elektronisk. Dermed må dei lagrast på ein kryptert minnepinne og sendast med kurér. Dette er ei av dei største hindringane for å vidareutvikle utbrotskartlegging i Noreg, og vi vil nytte anledninga til å be om at helsedepartementet kan sjå på denne lovfortolkinga og avklare korleis ein i framtida kan dele desse filene på ein meir rasjonell måte, seier seksjonsoverlege Kommedal.